東南亞是龍魚的核心原生棲息地，其中印度尼西亞、馬來西亞、泰國、越南和柬埔寨是主要分布區域。這些地區擁有赤道附近的濕熱氣候、茂密的熱帶雨林與大量黑水河流，為龍魚提供了理想的弱酸性、低硬度、高溶氧的生存環境。

印度尼西亞，尤其是加里曼丹島（婆羅洲）的卡普阿斯河與仙塔倫姆湖流域，是全球最著名的紅龍魚產地。這里的水質富含單寧酸，呈深褐色，水溫穩定在24–29℃，野生紅龍魚鱗片呈深紅至血紅色，體型大、色澤艷，被奉為“風水魚”中的頂級品種。馬來西亞則以金龍魚和過背金龍魚聞名，主要分布在彭亨州的百樂湖、肯逸湖及美極美拉河流域。馬來西亞的金龍魚鱗框金光璀璨，成魚后鱗片可越過背部，形成“過背”奇觀，深受收藏者追捧。泰國和越南的龍魚多為青龍魚（綠龍魚），分布廣泛，從湄公河流域到馬來半島東部均有記錄。青龍魚體色偏青藍，鱗片透明帶金屬光澤，適應力強，是東南亞分布最廣的品種。柬埔寨的龍魚多見于洞里薩湖周邊濕地，數量較少，但仍是原生種群的重要組成部分。

值得注意的是，雖然新加坡沒有原生龍魚分布，但憑借其成熟的觀賞魚貿易體系，成為全球龍魚交易與育種中心之一。而緬甸、老撾等地雖有零星分布，但因缺乏系統研究，種群狀況尚不明確。

龍魚棲息地普遍具備三大特征：一是水體為緩慢流動或靜止的黑水河、沼澤或森林湖泊；二是植被茂密，水下有大量枯枝落葉形成天然庇護；三是水質偏酸（pH 6.5–7.0），硬度極低，富含腐殖質。這些環境不僅利于龍魚隱蔽捕食，也為其口孵繁殖提供了穩定條件。

由于過度捕撈與棲息地破壞，野生龍魚已被IUCN列為瀕危物種（EN），多數品種受CITES公約保護。如今，人工繁殖已成主流，但原生地的生態價值仍不可替代。