腸炎的癥狀因類型不同而有顯著差異，但核心表現都圍繞腹痛、腹瀉、發熱和消化功能紊亂展開。最常見的是感染性腸炎，起病急，典型癥狀為突發水樣腹瀉、臍周或下腹部陣發性絞痛，常伴惡心嘔吐和低熱（38–39℃），糞便多為黃色稀便，嚴重時可出現脫水表現如口干、尿少。若為細菌性感染（如志賀菌、沙門菌），則可能出現黏液膿血便，伴有里急后重——即頻繁有便意卻排便量少、排不盡感，這是直腸受累的明確信號。病毒性腸炎（如輪狀病毒、諾如病毒）則更易引發噴射性嘔吐和高熱，嬰幼兒尤為明顯。非感染性腸炎如潰瘍性結腸炎，癥狀呈慢性反復發作，腹痛多位于左下腹，排便后緩解，大便中持續帶黏液或暗紅色血絲，常伴體重下降和乏力；而克羅恩病則多表現為右下腹或臍周隱痛，可出現腸梗阻、瘺管，甚至肛周病變，腹瀉多為糊狀，血便較少見。缺血性腸炎多見于老年人，突發劇烈腹痛后迅速出現血性腹瀉，病情進展快，屬急癥；放射性腸炎則發生在放療后數月，以慢性腹瀉、直腸出血和里急后重為主。偽膜性腸炎多由抗生素濫用引發，特征是大量水樣便，糞便中可見膜狀物，常伴高熱和嚴重脫水。所有類型腸炎都可能因長期吸收障礙導致營養不良、消瘦，若出現持續高熱、意識模糊、血便或腹膜刺激征，必須立即就醫。

不同腸炎的疼痛部位也有規律可循：急性感染性腸炎多為臍周絞痛；潰瘍性結腸炎以左下腹為主；克羅恩病則集中在右下腹或臍周；缺血性腸炎常為左下腹劇痛；放射性腸炎疼痛多位于直腸區域。此外，慢性腸炎患者常在情緒波動、進食油膩或勞累后癥狀加重，提示與腸道神經調節紊亂相關。